嘉兴高精度脱靶检测实验室

TCR修饰免疫细胞的脱靶毒性可通过评估TCR与人体自身抗原肽的交叉识别能力来评估。首先，应采用体外试验测定TCR修饰的免疫细胞与人自身抗原肽-HLA（与递呈靶抗原肽的HLA等位基因相同）复合物的亲和力，并说明抗原肽的选择依据及选择范围。此外，还应研究其他相关或不相关的蛋白中是否含有靶抗原肽序列。如果TCR与人自身抗原肽有交叉反应可能，应确定靶抗原肽的较小识别基序（motif），并采用计算机预测分析评估交叉反应性。如果计算机预测可识别出具有潜在交叉反应性的抗原肽，应在体外测定TCR修饰免疫细胞对表达相应蛋白或递呈相应抗原肽的的细胞的识别能力。如果不能排除交叉反应性，应基于含有潜在交叉反应性抗原肽的蛋白的表达模式以及TCR与潜在交叉反应性抗原肽的亲和力来进行风险评估。为获得TCR与其他等位HLA潜在交叉反应性的信息，应进行充分的HLA交叉反应性筛选。对于TCR修饰的T细胞，还应关注引入TCR链和内源性TCR之间的错配可能性，应描述和说明旨在降低错配可能性的TCR设计策略。基因编辑脱靶将无处隐藏。嘉兴高精度脱靶检测实验室

由于设计的sgRNA会与非靶点DNA序列错配，引入非预期的基因突变，即脱靶效应(Off-targeteffects)。脱靶效应造成了研究中的许多不确定性，这无疑限制了该技术的应用。因此，研究者希望能开发有效的方法来检测脱靶效应。在目前主流的脱靶效应评估方法中，有一种方法为GUIDE-seq，其原理是利用一种短的双链寡聚核苷酸（dsODN）标记CRISPR/Cas诱导的脱靶断裂，然后对标签所在的基因组区域进行高通量测序，通过生物信息学分析从而确定脱靶位点。利用该技术可以在基因组范围内检测CRISPR脱靶效应，从而改变了以往先预测假定脱靶位点再检测的思路；与其他的评估方法相比，GUIDE-seq更精确、更灵敏。武汉off-target脱靶检测服务脱靶检测技术，推荐唯可生物，实验实力强，专业性高，检测效率高，结果准确率高。

围绕大家关心的CRISPR基因编辑安全性问题，我们首先对CRISPR脱靶位点检测技术进行一次大盘点，在sgRNA设计阶段需要如何做才能够尽可能地避免脱靶现象的发生。较简单的脱靶位点检测方法是全基因组测序（WGS），但在实际使用中，即使测序深度达到100X，也很难发现一些低频率的脱靶位点，同时测序成本却非常高。为弥补WGS的这些缺陷，常见的脱靶位点检测技术都需要对脱靶位点进行捕获富集，来提高检测灵敏度，降低测序成本。按照实验原理的不同，脱靶位点检测技术可以分为细胞外、细胞内和其他特殊方法这3类。

CAR或TCR修饰的免疫细胞对于嵌合抗原受体（Chimericantigenreceptor，CAR）或T细胞受体（Tcellreceptor，TCR）修饰的免疫细胞，应尽可能采用多种方法评估其靶点相关毒性和脱靶毒性风险。对于靶点相关毒性，应采用体外方法深入分析靶点在人体qiguan、组织和细胞中的表达分布情况，基因表达分析库和文献调研也可能会有助于阐明靶点在不同病理生理状态下的表达是否存在差异。应采用表达和不表达靶抗原的细胞作为靶细胞进行体外试验，确认CAR或TCR修饰的免疫细胞可特异性的识别和杀伤靶细胞。对于CAR修饰的免疫细胞，应采用多种体外方法评估其胞外抗原识别区的脱靶风险。影响CRISPR靶向性效率和特异性的因素有哪些？

基于已有科学经验和既往非临床/临床研究结果，如果认为基因修饰细胞所采用的载体系统可将外源基因整合到细胞基因组中并可在体内长期存续，需综合分析以上风险因素，评估潜在的插入突变、致瘤/致性风险。非临床研究，应采用具有代表性的基因转导细胞进行基因整合位点分析，分析细胞的克隆组成以及在关注基因（如liu相关调控基因）附近有无优先整合迹象，含有关注整合位点的细胞有无优先异常增殖。对于嵌合抗原受体（Chimericantigenreceptor，CAR）或T细胞受体（Tcellreceptor，TCR）修饰的免疫细胞，应尽可能采用多种方法评估其靶点相关毒性和脱靶毒性风险。脱靶(off-target)效应是指MicroRNA Agomir/Antagomir可以与特异性互补的核苷酸序列结合。北京种子脱靶检测实验室

选择潜在的脱靶位点，例如选择gRNA预测网站上Top 5潜在脱靶位点，进行Sanger测序单克隆；嘉兴高精度脱靶检测实验室

R-loop seq虽然不是一种真正意义上的脱靶位点检测方法，但能为碱基编辑脱氨酶的脱靶提供一种度量方法，以便于之后的脱氨酶点突变优化，来降低脱靶的发生几率。2) Detect-seqCRISPR衍生技术由于其复杂性，检测其脱靶位点的hexin思路是捕获实验过程中的关键中间产物或者终产物。这种设计思路下，目前较为成功的是检测碱基编辑CBE脱靶位点的Detect-seq[13]。CBE的原理是将dC脱氨变为dU，迫使其对侧的dG变为dA，较终将碱基对从C-G转变为T-A。Detect-seq便是针对中间态的dU，使用Uracil DNA Glycosylase (UDG)，去除U碱基后，替换为带Biotin的U碱基，捕获碱基编辑的脱靶位点，并且sgRNA依赖和sgRNA不依赖的脱靶位点都能找到。该方法类似检测DNA甲基化的重亚硫酸盐测序法，通过处理特定的碱基，可以捕获全基因组上的CBE脱靶位点。嘉兴高精度脱靶检测实验室