河北PNGaseF去糖基化酶糖生物学研究
GlycOCATCH设计用于特异性结合粘蛋白型O-糖基化蛋白和肽。亲和树脂基于无活性的Genovis的OpeRATOR酶，该酶经过工程设计，可以高亲和力结合O-糖基化蛋白和肽。 结合在pH 5-8的生理缓冲液中进行。由于GlycOCATCH树脂和O-糖蛋白/肽之间的强相互作用，可以用8M尿素进行洗脱。或者，可以使用活性OpeRATOR酶进行洗脱，该酶消化O-聚糖位点的N末端结合的O-糖蛋白。在后一种情况下，肽在天然条件下回收。OpeRATOR 冻干酶包含在购买中。由于 O-糖蛋白上的旋亚氨酸化 O-聚糖与树脂结合效率更高，因此唾液酸酶混合物 SialEXO 冻干也包含在购买中。而用其他岩藻糖酶处理部分去除岩藻糖或根本没有去除。河北PNGaseF去糖基化酶糖生物学研究
Genovis的ImpaRATOR™ 可用于多种 O-聚糖：依那西普是一种融合蛋白，由TNF受体的胞外结构域与人IgG1的Fc部分相连。该蛋白质在Fc区域上方含有多达13个O-糖基化的Ser/Thr残基簇，使其成为一种非常难以在结构上表征的生物制药。为了证明ImpaRATOR的聚糖特异性，制备了三种具有不同聚糖组成的依那西普样品：（i）携带单唾液酸和二唾液酸化he心1结构混合物的未经处理的糖蛋白，（ii）用SialEXO处理的糖蛋白去除唾液酸并产生裸核1结构，以及（iii）用SialEXO和GalactEXO处理的糖蛋白产生单个GalNAc残基， 也称为Tn抗原。用ImpaRATOR和FabRICATOR在一锅反应中处理三个样品（图1）。作为比较，SialEXO处理的依那西普用OpeRATOR和FabRICATOR处理。将所得肽还原、烷基化并用HILIC-MS进行分析。FabRICATOR被包括在反应中，以将Fc区与大多数C端糖肽分离，以促进其表征。广东PNGaseF去糖基化酶蛋白质组学研究OglyZOR 是一种内切糖苷酶用于确认O-糖的存在和降低样品的异质性。
Genovis的GlycOCATCH®是一种亲和树脂，可特异性结合O-糖基化（粘蛋白型）蛋白和肽，从而实现简单的工作流程，以富集和纯化携带O-聚糖的蛋白质和肽。洗涤离心柱，并用8M尿素洗脱结合的蛋白质。对洗脱材料的分析表明，由于洗脱O-糖基化蛋白，并且树脂与非糖基化蛋白和N-糖基化蛋白的结合可以忽略不计。选择性结合 O-糖蛋白：为了测试选择性，将一系列 O-糖基化、N-糖基化和非糖基化蛋白与Genovis的GlycOCATCH 一起孵育。为了在肽水平上研究Genvois的GlycOCATCH的O-糖特异性，将O-glcyosyled肽（糖蛋白）与一系列未修饰的肽混合。
由于蛋白质的O-糖模式的异质性和O-糖结构的OpeRATOR特异性，形成了重叠的肽，从而可以获得O-糖位点的完整图谱为了进行比较，相同材料的标准胰蛋白酶消化物， 显示难以分析的少量且非常大的糖肽。使用Genovis的OpeRATOR进行O-糖位点定位：OpeRATOR 是一种 O-聚糖特异性蛋白酶，可消化丝氨酸和苏氨酸糖基化位点的粘蛋白型 O-糖蛋白 N 端。这会产生携带O-糖的糖肽，并能够使用质谱法进行O-糖分析、O-糖肽图谱以及中级分析。下面是OpeRATOR消解位点的示意图。在变性反应条件下，PNGase F 在 30 分钟内成功将更复杂的 F 融合蛋白阿巴西普和阿柏西普去糖基化。
使用Genovis的GalNAcEXO 对 O-糖基化生物制药进行 Tn 抗原表征：未成熟的截短O-聚糖导致了复杂生物制药的异质性，使其分析更具挑战性。 O-聚糖的he心由n-α-GalNAc残基组成，通过糖苷键与丝氨酸或苏氨酸连接，称为Tn抗原。 现在，使用GalNAcEXO可以采用合适的酶策略来去除这些GalNAc并简化生物制药的表征。在质谱图中可以观察到重复峰的模式。其次，在与GalNAcEXO酶孵育后，剩余的GalNAc残基被完全去除，留下一个峰。因此，该工作流程确认了 O-糖基化生物制药上存在 Tn 抗原，并允许定量he心 GalNAc 水平。这种工作流程的另一个好处是减少了剩余的异质性，这有助于确认蛋白质的完整质量，并揭示截短的片段。OpeRATOR 来源于 Akkermansia muciniphila，并以 E 表达。大肠杆菌。该酶含有 His 标签，分子量为 42 kDa。甘肃用于自动化系统的96孔板形式PNGaseF去糖基化酶
可以用8M尿素进行洗脱；或使用活性OpeRATOR酶进行洗脱。河北PNGaseF去糖基化酶糖生物学研究
FucosEXO中的酶在大肠杆菌中表达，带有His标签，分子量为87 kDa和64 kDa。FucosEXO在天然条件下水解糖蛋白上的岩藻糖，在6至8的pH值范围内显示出高活性，无需辅助因子或添加剂。1. 用于方法开发的灵活格式；2. 可以结合酶以提高效率；3. 适用于自动化工作流程；4.即用型 - 只需加水即可。Genovis的FucosEXO 是 α-岩藻糖苷酶的混合物，用于在 N-和 O-糖基化蛋白或游离寡糖上有效水解 α1-2、α1-3 和 α1-4-连接的岩藻糖。人血清中 O-糖蛋白的富集：GlycOCATCH还可用于从复杂的样品混合物（如人血清）中选择性富集O-糖基化蛋白。简而言之，用Genovis的SialEXO处理血清并应用于GlycOCATCH树脂。洗涤树脂，用8M尿素洗脱O-糖基化蛋白。用胰蛋白酶消化样品并使用 RP-LC-MS/MS 进行分析，并使用 Swiss Prot 数据库鉴定蛋白质列表。O-糖基化蛋白以黄色表示。河北PNGaseF去糖基化酶糖生物学研究