山东肠道微生物测序

人类想要征服新发人畜共患病，只有提前发掘潜在的新的致病的病原，并针对新病原进行基因组分析、流行病学调查、疫苗和抗体的开发等方面的研究。病毒宏基因组学是在宏基因组学基础上发展起来研究特定环境中病毒的新兴技术，该技术结合深度测序技术（第二代、第三代测序技术）已经在人类、动物、特定环境中挖掘出大量的新病毒，该技术不依赖于病毒培养及病毒序列，在国内外被普遍应用于新发人畜共患病病原的挖掘与临床诊断。总之，随着病毒宏基因组学与各种新的分子生物学技术及深度测序技术的结合，该技术展现了区别于传统病毒诊断技术的优势，而该技术对动物病毒的挖掘及其他领域的应用将更加普遍。宏基因组测序能够检测出新发和罕见病原体。山东肠道微生物测序

上海探普生物对样本进行宏病毒组测序实验基于二代测序技术。经过核酸纯化-文库构建-生物信息学分析这3大基本流程后，样本转换成了序列数据。先，在核酸纯化环节，探普提供专门针对病毒的核酸纯化样本指南，以提高纯度和得率，与此同时探普生物也提供核酸纯化服务。第二，文库构建环节。样本的核酸具备浓度低，总量少的特点。探普生物专门针对这一点开发了超微量核酸文库构建，可以将0.01ng/μl甚至更低浓度的核酸构建成测序文库。第三，生物信息学分析环节。寄生性质的生物下机数据一般都伴随大量的宿主和其他微生物的数据。探普生物基于该特点，优化了自有数据库，搭载了的生物信息学分析流程，可处理复杂背景下的目标物种序列。郑州水体微生物测序分析服务DNA宏基因组测序的病原检出率均高于培养等传统方法。

宏病毒组其实就是病毒的宏基因组（meta-genomics），该技术是随着高通量测序技术的兴起而发展起来的。该技术主要是使用大量微生物群体样本的测序数据和生物信息学分析手段，以多种数据库为基础，进行群体的种类和功能分析。因此，它主要的应用场景在于微生物群体研究，如肠道微生物、皮肤微生物、口腔微生物、水体微生物、土壤微生物等。一直以来宏基因组技术都是在细菌领域使用，病毒的样本收集困难、文库构建繁琐、数据库不完善，因此宏基因组技术未能获得普遍应用。上海探普生物科技有限公司立志专门解决病毒方向的基因组研究难题，开发了整套的样本处理和生信分析流程，基于这套流程，研究者们想对样本进行宏病毒组测序就很容易实现了。

宏基因组测序对环境样本所有微生物基因组DNA进行提取和高通量测序，分析样本环境中所有微生物基因组信息。宏基因组测序解读微生物群体的多样性与丰度信息，分析微生物群体基因组及功能，也探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的功能基因。生物信息分析内容1.测序质量分析与统计、评估；2.数据库比对；3.物种丰度分析；4.功能基因注释；5.基因功能丰度差异分析；6.Pathway富集分析；7.丰度差异基因/物种聚类分析；8.PCA分析。未知病原微生物样本需要经历：核酸纯化-文库构建-以及生物信息学分析这三大基本流程才能完成鉴定。

病原微生物二代测序，也称宏基因组测序（mNGS）是目前临床上针对病原较常用的基因测序方法。通过对疑似传染标本采集提取后（无需培养）直接进行高通量测序，利用病原微生物数据库比对和分析后可以获得疑似致病微生物种属信息。基于NGS的宏基因组学检测技术在2014年被用于临床传染患者的病原学诊断。目前，多个省市已经将病原微生物二代测序纳入医保报销，助力检测！目前，国家微生物科学数据中心数据资源总量已超过300TB，数据记录数超过了40亿条。可用于临床的微生物数据库包括了超过18000条信息。微生物鉴定可以采用不同微生物对周围环境的资源的利用度有所不同的特性来区别。山东肠道微生物测序

可利用不同底物产生的不同代谢产物来间接检测该微生物内酶的有无,从而达到检测特定微生物的目的。山东肠道微生物测序

宏基因组测序的挑战：背景干扰：病原样本深藏在大量宿主和其它微生物之内，临床病原常为起始量低，背景噪音大的复杂样本，大量宿主信号掩盖了微量病原信号，致使敏感性偏低，难以有效区分。另外，因为RNA病毒需先转化为互补DNA(cDNA)再进行测序，因此病原宏基因组测序技术对RNA病原体检出率比DNA病毒更低。可以考虑对核酸样本进行特殊的处理，对病毒序列进行特异性富集，再进行建库测序。质量控制：病原宏基因组测序技术涉及一系列繁琐的实验操作过程，例如文库构建涉及到基因组打断，测序接头链接，全基因组扩增等多个步骤，每一步骤的目标是要每个分子都以相同的效率执行每个步骤，打断有损失，连接有差别，扩增有偏好，都会带来检测误差。山东肠道微生物测序