微流控芯片数字PCR如何选型

时间:2020年08月24日 来源:

在定量PCR时,我们常常纠结一个问题,究竟是相对定量还是***定量呢?如今,你无需纠结了,因为数字PCR(digital PCR)来了。尽管这两种技术有些类似,都是估计起始样品中的核酸量,但它们有一个重要的区别。定量PCR是依靠标准曲线或参照基因来测定核酸量,而数字PCR则让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的***定量。因此特别适用于依靠Ct值不能很好分辨的应用领域:拷贝数变异、突变检测、基因相对表达研究(如等位基因不平衡表达)、二代测序结果验证、miRNA表达分析、单细胞基因表达分析等。
正压生成油包水的液滴。微流控芯片数字PCR如何选型

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数字PCR(d PCR)是近年来引起重视并迅速发展起来的一种突破性的核酸定量分析技术。该技术先将核酸模板进行稀释,分配到大量**的反应单元中,使每个反应单元中只有单个模板分子,然后进行PCR扩增反应,扩增结束后对每个反应室的荧光信号进行统计学分析,来定量DNA拷贝数。数字PCR采用先扩增后定量,因此不依赖扩增曲线的循环阈值(Ct),也无需采用内参基因和标准曲线,准确度高、重现性好,可以实现***定量分析。由于其独特的技术优势,已经在临床诊断、转基因成分定量、单细胞基因表达分析、环境微生物检测和下一代测序等研究领域显示出巨大的优势和应用前景。
苏州数字PCR如何选型高灵敏度——数字PCR的灵敏度与同体积反应体系的分割份数成正比。

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要了解为什么传统 PCR 存在限制,务必要了解 PCR 反应过程中发生了什么。基本 PCR 运行可以分为三个阶段:

指数期

每个循环积聚的产物准确加倍(假定 ** 反应效率)。该反应具有高度特异性和精确度。出现指数式扩增,因为所有试剂均新鲜可用,反应的动力学推动反应有利于扩增子加倍。

线性期(高变异性)

随着反应继续,一些试剂因扩增而被消耗。反应开始减缓,并且每个循环的 PCR 产物不再加倍。

平台期(终点:使用传统方法进行凝胶检测)

反应停止,不再产生更多产物,并且如果放置时间够长,PCR 产物将开始降解。因为每个样品具有不同的反应动力学,所以每支试管或每个反应将在不同的时间点进入平台期。在平台期可以看到这些差异。在平台期内,传统 PCR 进行测量,又称为终点检测。

研究方向

低丰度及稀有序列的精确定量

目前对于低丰度目标序列的检测,定量PCR、杂交、毛细管测序及NGS等方法都因受到背景DNA的干扰,使得检测灵敏度及精确性都达不到精细定量的要求(如定量PCR检测中Ct值大于33的情况下,其重复性就不是很高), 而微滴式数字PCR系统通过**的微滴化处理,使得稀有的核酸序列从大量的背景DNA中分离出来,从而提高了检测的灵敏度及重复性。

此外,由于样品微滴化处理的同时,也将样品中可能存在的***剂进行了分装,提高了数字PCR扩增对于***剂的耐受程度,因此可具体应用于很多临床样品(血液、尿液、粪便、痰液、脑脊液等)中对**核酸标记物的检测。一般而言,毛细管电泳和定量PCR的检测灵敏度约在10%;NGS的灵敏度可达到1%;而ddPCR的检测下限为0.001%。 全封闭防污染设计,一键式自动化操作。

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数字PCR也叫Digital PCR(dPCR),是近几年发展起来的一种核酸定量分析技术。相较于传统荧光定量PCR来说,数字PCR对结果的判定不依赖于扩增曲线循环Ct值,不受扩增效率的影响,能够直接读出DNA的分子个数,能够对起始样本核酸分子***定量。

数字PCR基本原理是将一个样本分成几十到几万份,然后再将其分配到不同的反应单元中,使每个微滴单元包含一个或多个拷贝的核酸分子(即DNA模板),每个单元都会对目标分子进行扩增,然后再对每个单元进行荧光信号的统计并计算。相对而言,传统PCR或qPCR反应都是发生于同一体系当中,这也是数字PCR与其比较大的区别。 单细胞研究:测序、PCR。苏州永诺数字PCR如何选型


油包水乳化微滴技术,在微管道中利用气压驱动生成十万个微滴,单个微滴体积体积低至皮升级。微流控芯片数字PCR如何选型

目前数字PCR技术在临床领域已经有着非常***且***地应用,例如在病原微生物检测中的应用:HBV检测、HIV检测、甲型流感病毒检测等;在产前诊断中的应用:13/18/21号染色体三倍体检测、遗传性耳聋检测、地中海贫血检测及优生五项的病毒检测等;在**靶向***相关基因检测中的应用:肺*EGFR基因突变、ALK基因融合检测、结直肠*KRAS、BRAF基因突变检测、乳腺*HER2基因扩增检测、神经胶质瘤IDH基因突变检测等。以**靶向***相关基因检测为例,在**形成的超早期,会出现**细胞的坏死和凋亡,这些凋亡或坏死的**细胞会释放其DNA进入外周血,因此通过分析循环血液中是否含有**特异的游离DNA就可以达到**早期筛查的目的。然而此时DNA含量极低,对检测的灵敏度和精确性要求极高,目前只有数字PCR技术可以检测出来。另外进行个体化***时,需要对基因组样本进行分析,此时利用数字PCR技术也能**提高结果的可信性,进而建立合理***方案。
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